Le conseil scientifique du CRFJ est composé de personnalités scientifiques françaises et étrangères, de représentants du MEAE, du MESR et du CNRS. Il donne son avis sur la politique et sur les orientations scientifiques de l’unité. Il examine et auditionne les candidats au poste de directeur/directrice du CRFJ.
Il se réunit une fois par an en session ordinaire. Lors de cette session le directeur du CRFJ présente le rapport d’activités de l’unité.

Mme Anne Baud
Professeur / Archéologie médiévale
Université Lyon 2 (laboratoire ArAr 5138)
 
Mme Laeticia Bucaille
Professeur / Sociologie politique
à l’Inalco, et vice-présidente de l’Inalco,
CESSMA (UMR 245) / Institut universitaire de France
 
M. Alain Dieckhoff
Directeur CERI, Sciences Po 
DR, CNRS
 
Mme Sylvie-Anne Goldberg
Directrice d’études à l’EHESS
 
M. Chris Reintges
CR, CNRS, Université Paris-Diderot Paris VII
 
M. Nicolas Samuelian
INRAP
 
M. Pierre Savy
Maître de conférences en histoire du Moyen Âge,
Université Paris-Est-Marne-la-Vallée
 
M. Damien Simonneau
Maître de conférences, Science po
INALCO / l’Institut Convergences Migrations du Collège de France.
 
M. Sébastien Tank
Docteur en sociologie de l’Ehess
CEIFR